为揭示凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)小棚养殖模式下影响养殖产量的因素，本研究开展了凡纳滨对虾小棚养殖水质、颗粒相关细菌和非活动自由生活细菌结构和功能差异研究，并基于16s rRNA的高通量测序技术分析了不同产量水平下小棚模式两种细菌结构和潜在功能的差异。其结果显示, 高产小棚的悬浮颗粒浓度显著高于低产小棚(P<0.001)，水体中悬浮颗粒的浓度与对虾产量密切相关；在小棚养殖水体中，PAB的Chao1和Shannon指数均高于NFB，表明PAB的多样性和丰富度均高于NFB；黄杆菌科在颗粒相关细菌中显著富集，表明黄杆菌科细菌是PAB中主要的优势功能微生物；PAB的生物合成、物质和能量代谢功能通路丰度显著高于NFB(P<0.05)，PAB显著上调的代谢通路为硝化反硝化作用，表明PAB对物质合成和营养盐代谢能力更强；实时荧光定量PCR结果表明，高产小棚PAB中氨氧化细菌和亚硝酸盐氧化细菌的主要功能基因丰度均高于低产小棚，表明高产小棚PAB中硝化细菌更为成熟。该研究表明，在对虾小棚模式中，颗粒相关细菌对养殖水体中含氮污染物的去除发挥了重要作用，其通过调控水质而进一步影响对虾产量。本研究结果可为对虾小棚模式水质调控和高效养殖提供重要理论依据。