本研究采用比较转录组法探讨性成熟期中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)雌雄个体间脑、性腺的关键差异调控通路及繁殖调控的关键基因。结果表明, 性成熟雌雄蟹其脑、性腺组织具有性别差异调控模式。脑内差异表达通路主要涉及信号转导、性激素调控及环境适应应答, 性腺内关键差异调控通路主要涉及激素调控、氨基酸代谢调控等。脑内繁殖调控关键基因主要涉及发育及内稳态调控等, 如 III 型纤连蛋白域结合蛋白 3a (FNDC3A)、反式甲酸 2 (INF2)、神经胶质蛋白(NRG)、假苷酸合酶 7 同系物(PUS7)、小泛素相关修饰子 3 (SUMO3)、超氧化物歧化酶 (SOD)等, 性腺内关键调控基因主要涉及能源物质代谢、性细胞发育调控等, 如甾醇调控原件结合蛋白 1 (SREBF1)、 卵泡刺激激素受体(FSHR)、表皮生长因子受体(EGFR)、丝/苏氨酸激酶 4 (TSSK4)、胰岛素样生长因子 2 mRNA 结合蛋白 3 (IGF2BP3)、磷脂酰肌醇 3 激酶调节亚基 2 (PIK3R2)、胞质型多聚腺苷酸化原件结合蛋白(CPEB)等。本研究结果表明, 性成熟河蟹雌雄个体间的脑、性腺具有差异调控模式, 本转录组获得的差异调控通路及基因将为进一步开展河蟹繁殖调控研究提供丰富的理论信息。