为分析“褐色沉积症”形成分子机制, 探究筏式养殖虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)贝壳内侧褐色沉积症状形成原因, 采用 Illumina 高通量测序平台对感染“褐色沉积症”虾夷扇贝和健康虾夷扇贝外套膜组织进行转录组测序分析。结果显示, 患病和健康扇贝外套膜分别获得 43862251 和 41806737 条 clean reads。经参考基因组比对分析, 患病和健康扇贝外套膜表达基因数量分别为 17835 个和 16816 个, 差异表达基因 208 个, 其中上调基因 170 个, 下调基因 38 个。选取 6 个差异表达基因进行荧光定量 PCR (qRT-PCR)验证, 结果证明转录组测序分析可靠。GO 功能富集发现差异基因主要富集在几丁质代谢、含氨基葡萄糖化合物代谢、几丁质结合和氨基糖代谢等与几丁质合成代谢相关的通路; KEGG 通路富集分析发现差异基因主要参与内质网蛋白质合成、内吞作用、剪接体和谷胱甘肽代谢等途径; 对差异表达倍数显著的前 40 个基因分析发现, 编码类咖啡酰辅酶 A-O-甲基转移酶(caffeoyl-CoA O-methyltransferase-like, CCOAOMT-L)、类 1-氨基环丙烷-1 羧酸合酶(1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthaselike protein, ACCS-L)、黄蛋白(protein yellow-like)、热休克蛋白 70 (HSP70)、过氧化物酶成熟因子(DUOXA1)、多烯脂肪酸异构酶(poly enoic fatty acid isomerase, PFI)、Na⁺ /Cl⁺ 依赖的甘氨酸转运蛋白(sodium-and chloride-dependent glycine transporter, GlyT1)、类酪氨酸酶(putative tyrosinase-like protein, Putative Tyr-3)、Toll 样受体(protein toll)等与蛋白质醌鞣化、免疫、氧化、神经传递相关的基因与褐色沉积症形成密切相关, 揭示了虾夷扇贝外套膜褐色沉积症形成的内在原因。