瓦氏雅罗鱼slc26基因家族的鉴定、表达与进化分析
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黄晶(1996-),女,汉族,硕士研究生,研究方向为鱼类抗逆生理机制研究.E-mail:2329255596@qq.com

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国家自然科学基金项目(32273120); 国家重点研发计划项目(2020YFD0900402).


Identification, expression, and evolution of slc26 gene family in Leuciscus waleckii
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    摘要:

    为探究瓦氏雅罗鱼(Leuciscus waleckii) slc26 基因家族在 Cl 、HCO3 等阴离子转运过程中的作用机制, 基于瓦氏雅罗鱼基因组及转录组数据, 结合生物信息学方法对 slc26 家族进行了基因鉴定、表达及进化分析。利用同源比对的方法, 从瓦氏雅罗鱼基因组中共鉴定到 10 个 slc26 基因家族成员, 分布在瓦氏雅罗鱼的 6 条染色体上, 分别命名为 slc26a1、slc26a2、slc26a3.1、slc26a3.2、slc26a4、slc26a5、slc26a6、slc26a6l、slc26a10 slc26a611。系统发育和模体分析显示, slc26a3.1、slc26a3.2 slc26a4 同源性较高, slc26a5、slc26a6 slc26a6l 同源性较高, slc26a1、 slc26a2 slc26a10 同源性较高, 而 slc26a11 与其他 9 个基因的同源性相对较低, 单独聚类; RNA-seq 和实时荧光定量分析显示, 50 mmol/L NaHCO3 碱度胁迫下瓦氏雅罗鱼 slc26 家族不同成员呈现出一定的组织表达特异性, 即 slc26a3.1、slc26a3.2 slc26a4 在肠组织高表达, slc26a5、slc26a6 slc26a6l 在鳃和脑组织高表达, slc26a1、slc26a10slc26a11 在肾组织高表达, slc26a2 在肝脏高表达, 亲缘关系与表达结果基本一致。基于基因组重测序数据, 统计了 slc26 基因在瓦氏雅罗鱼碱水种群(23 尾)和淡水种群(15 尾)的 SNPs 位点, 以 Fst top 10%为基准, 筛选出 12 个共享的潜在候选 SNPs, 通过进一步基因型性状关联分析鉴定出 5 个 SNPs 位点在碱水种群和淡水种群存在显著的遗传分化(P<0.05)。本研究结果将为瓦氏雅罗鱼酸碱调控机制的深入解析提供理论依据。

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引用本文

黄晶,王双毅,李雯,梁利群,张立民,董志国,常玉梅.瓦氏雅罗鱼slc26基因家族的鉴定、表达与进化分析[J].中国水产科学,2023,30(3):309-322
HUANG Jing, WANG Shuangyi, LI Wen, LIANG Liqun, ZHANG Limin, DONG Zhiguo, CHANG Yumei. Identification, expression, and evolution of slc26 gene family in Leuciscus waleckii[J]. Journal of Fishery Sciences of China,2023,30(3):309-322

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  • 收稿日期:2022-10-27
  • 最后修改日期:2022-11-29
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  • 在线发布日期: 2023-05-22
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