发展以渔业利用为基础的盐碱水体养殖已成为开发盐碱水资源的重要方法之一，凡纳滨对虾（Penaeus vannamei）是盐碱地水产养殖中的重要品种，水体中的微生物组在养殖过程中发挥着重要作用，然而，关于盐碱地凡纳滨对虾养殖系统中的微生物研究较少。本研究基于16S rRNA高通量测序技术，解析了盐碱地凡纳滨对虾养殖池塘中浮游细菌的全过程动态变化。结果显示：在整个养殖过程中，门水平的主要优势菌为厚壁菌门（33.82%）、变形菌门（25.82%）、蓝细菌门（17.36%）和放线菌门（17.36%）；主要优势属包括微小杆菌属、噬冷杆菌属、Cyanobium_PCC-6307，微小杆菌属在前中期（0-30天）的样品中富集较多（19.57% - 55.17%），而中后期（40-60天）较少（13.32% - 24.84%）；噬冷杆菌在0天、10天和40天的样品中发现较少（0.07% - 0.53%），在随后的50天样品中出现了相对丰度的大幅上升（49.21%）；Cyanobium_PCC-6307在40天样品中出现了相对丰度的大幅上升（42.92%），在其余样品中波动较小（3.87% - 13.12%）；游动球菌属在放苗前的水体中丰度最高（9.68%），在之后的养殖阶段中降低；马赛菌属（8.09%）和金黄杆菌属（6.36%）仅在30天样品中特异性富集。在0天，10天，20天，30天，40天，50天和60天的样品中形成了各自独特的浮游细菌群落，水温、氮磷营养元素和pH驱动了浮游细菌群落演替。在致病菌相对丰度较低的情况下，蓝细菌可能是盐碱地水产养殖的主要威胁，微小杆菌属和噬冷杆菌属可视为当地水源和池塘中的主要益生菌，能够抑制蓝细菌大量繁殖，维持水体环境的健康。