硫酸软骨素在生物体应对病毒和细菌感染中起着重要作用，为研究硫酸软骨素合酶1(chondroitin sulfate synthase-1, ChSy-1)在仿刺参(Apostichopus japonicus)受到灿烂弧菌(Vibrio splendidus)感染后的作用，本研究开展了仿刺参ChSy-1基因(AjChSy-1)全长序列克隆、结构及系统进化分析，并采用荧光定量PCR技术测定了该基因在刺参不同组织中的表达差异及灿烂弧菌感染下的表达模式。结果显示，AjChSy-1基因cDNA全长为2756 bp，其中，5′-UTR长度为194 bp，3′-UTR为228 bp，ORF为2334 bp，编码777个氨基酸。AjChSy-1基因编码的蛋白含有糖基转移酶保守性DXD基序、β3-糖基转移酶基序及β4-糖基转移酶基序等结构。刺参基因组比对发现在chr13染色体上存在2个AjChSy-1基因拷贝。系统进化分析表明，刺参AjChSy-1编码蛋白与玉足海参(Holothuria leucospilota)和棘冠海星(Acanthaster planci)的蛋白亲缘关系较近，与斑马鱼(Danio rerio)、智人(Homo sapiens)等脊椎动物的蛋白亲缘关系较远。荧光定量PCR显示，AjChSy-1基因具有广泛的组织表达特性，其中，体腔细胞中表达量最高，体壁、性腺(雄性和雌性)和纵肌次之。在响应灿烂弧菌侵染过程中，随灿烂弧菌侵染时间增加，体壁中AjChSy-1表达量呈现先上升后下降的趋势，在第3、6、9天分别为对照组的1.79、2.06、3.12倍，对发病期抗病群体和易感群体中该基因的检测结果表明，易感群体体壁该基因表达量显著低于抗病群体(P<0.05)，表达量降低11.4%。推测该基因可能在刺参应对灿烂弧菌中发挥免疫防御作用，相关研究结果为解析刺参AjChSy-1基因功能以及抗病分子调控机制提供了参考数据。