为评估养殖群体翘嘴鲌（Culter alburnus）的遗传多样性水平，探究其遗传特征及群体间的遗传差异，本研究利用全基因组重测序（Whole genome resequencing, WGS）技术，对来自浙江太湖（TH）、广东清远（QY）和江苏扬州（YZ）的三个养殖群体进行了深入分析。总共鉴定出23,156,699个SNPs和5,838,147个Indels位点，SNP变异位点主要位于基因间区域（47.21%）和内含子区域（39.37%）。三个群体的SNP标记均显示为低度多态性（PIC值<0.25）。太湖、清远、扬州三个群体平均近交系数分别为0.1923、0.0631和 -0.0280。群体结构分析表明，太湖群体形成了独特聚类，而清远和扬州群体在遗传上则受到了多个祖先群体的影响。连锁不平衡衰减图（LD decay）显示太湖群体的衰减距离最大，衰减速度最慢。遗传分化指数（Fst）和基因流（Nm）均表明太湖群体与其他群体间存在明显分化。通过基于遗传分化系数 （Fst）和核苷酸多样性（π）的选择性扫描分析，以清远和扬州群体为参考群体，在太湖群体中分别鉴定到了572个和602个选择性基因，涉及能量代谢、氧化应激和炎症反应等生物过程，最多选择的区域位于chr 3和chr 7上。综上所述，三个翘嘴鲌养殖群体的遗传多样性水平均较低，其中太湖群体的遗传多样性最低，受到较强的人工选择和近亲繁殖影响，而清远群体与扬州群体则显示出频繁的基因交流，可能存在着种质混杂现象。本研究可为翘嘴鲌养殖群体的育种选育及种质资源的保护和管理提供基础数据支撑。