本研究以2023年11月份福建东吾洋的小雷江、文岐、围江海域吊笼养殖区暴发的刺参腐皮综合征为研究对象，对其发病特征、菌群结构及菌群与环境因子的相关性进行解析，以期掌握该养殖模式下相关疾病发生时期的养殖系统的菌群结构特征，为该区域刺参病害防控提供科学依据。本研究通过对患病组织及水样中微生物的16S rDNA可变区V3~V4区域进行高通量测序及菌群结构分析，结果表明检测到的细菌归属于33门，72纲，350 科，各区域患病刺参体壁样品中，位于前三的优势菌门均为变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidota）和放线菌门（Actinobacteriota），优势菌科有黄杆菌科（Flavobacteriaceae）、红杆菌科（Rhodobacteraceae）、肠杆菌科（Enterobacteriaceae）和微杆菌科（Microbacteriaceae）等；在3个区域的水体样品中，位于前二的优势菌门均为变形菌门和拟杆菌门，优势菌科有黄杆菌科、红杆菌科、放线菌科（Actinomarinaceae）和蓝细菌（unclassified_Cyanobacteriia）等。α多样性分析显示Chao1和ACE指数在不同区域的刺参体壁和水样中均表现出显著的差异性，PCoA分析显示水体样品聚集在一起外周包围着刺参体壁样品，表明水样菌群与海参健康具有一定的相关性。对所研究样品中科水平上Top 20的菌群进行相关性分析发现，18个菌群间有100对组合具有显著相关性，且毛螺菌科（Lachnospiraceae）、颤螺菌科（Oscillospiraceae）与鼠杆菌科（Muribaculaceae）相互之间存在着极强的相关性，相关性系数达到了0.95以上。菌群与环境因子间相关性分析显示，BOD/Hg/Zn/Ni四种环境因子与微生物的α多样性具有显著的相关性（p < 0.05）。综合上述结果表明，患病刺参个体的体壁组织中存在大量的弧菌，患病组织与水体中的菌群具有显著的相关性，且环境因子对菌群结构及微生态的稳定性具有重要影响。相关研究结果将有助于为刺参腐皮综合征的防控提供科学依据，并进一步推动刺参养殖过程中环境保护及养殖工艺的优化，为科学养殖及病害防控提供理论依据。