淡水定居型刀鲚无间隙基因组组装
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作者:
作者单位:

1.南京农业大学;2.中国水产科学研究院淡水渔业研究中心

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基金项目:

中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金资助(2023TD11,2023TD65);2023年江苏省农业农村厅渔业生态与资源监测专项;江苏省研究生科研与实践创新计划项目(KYCX23_0757)


Gap-free genome assembly of freshwater resident Coilia nasus
Author:
Affiliation:

1.Wuxi Fisheries College,Nanjing agricultural University;2.Key Laboratory of Freshwater Fisheries and Germplasm Resources Utilization,Ministry of Agriculture and Rural Affairs,Freshwater Fisheries Research Center,Chinese Academy of Fishery Sciences,Wuxi

Fund Project:

Central Public-interest Scientific Institution Basal Research Fund, CAFS (NO.2023TD11 and No.2023TD65), Fisheries Ecology and Resources Monitoring Services of Jiangsu Provincial Department of Agriculture and Rural Affairs in 2023 “Monitoring of aquatic Living Resources in Jiangsu Section of the Yangtze River Main Stream”, and the Postgraduate Research & Practice Innovation Program of Jiangsu Province (KYCX23_0757)

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    淡水定居型刀鲚(Coilia nasus taihuensis)又称为湖鲚,终生生活在淡水湖泊中,不需要进行江海洄游也能完成整个生活史过程。栖息生境的差异及长期的地理分割,使得湖鲚与洄游型刀鲚(Coilia nasus)选择了不同的环境适应性进化机制。由于目前缺乏湖鲚的基因组信息,与其环境适应相关的遗传机制缺乏系统研究。本研究以太湖的定居型个体为实验对象,通过Pacific Biosciences (PacBio) high-fidelity (HiFi)测序数据组装得到高质量基因组骨架,利用Hi-C测序数据实现基因组染色体水平的组装,结合Nanopore测序数据进行基因组补洞,最终获得完整的、无间隙的湖鲚参考基因组。湖鲚基因组大小约为834.09 Mb,contig N50高达35.45 Mb,挂载到24条染色体上,挂载率为99.83%。基因组组装质量评估显示,BUSCO(Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs)评估值为91.90%,表明基因组组装完整性较高。基因组注释特征显示,基因组重复序列总长度为382.39 Mb,占基因组的45.85%,基因结构注释共鉴定21,730个蛋白编码基因,其中21,666个基因(99.71%)被功能注释。基因组共线性结果显示,刀鲚和湖鲚之间具有极高的基因组共线性比率(96.95%),共鉴定到48,852个共线性区块,表明两者之间遗传关系密切。本研究为后续刀鲚适应性机制研究提供素材,为深入开展湖鲚群体遗传学研究提供重要的基因组资源。

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  • 收稿日期:2025-01-09
  • 最后修改日期:2025-04-17
  • 录用日期:2025-04-22
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