金鱼(Carassius auratus)是重要的淡水观赏鱼类, 部分品种具有罕见的头瘤结构, 但金鱼头瘤的遗传调控机制尚不明确。为深入挖掘金鱼头瘤发生相关的重要候选基因, 本研究利用转录组测序和生物信息学分析构建了包含脑、眼、鳍、肠、心、肾、肝、肌肉、鳞片、皮肤、脾脏和头瘤(hood)共计12种金鱼组织或器官的转录组图谱, 系统解析了组织间的基因表达差异, 在头瘤组织与皮肤的比较分析中共鉴定到3,131个差异表达基因，其中上调1,376个, 下调1,755个；进一步将头瘤组织与其他组织比较得到的差异基因进行交集分析筛选，最终获得92个在头瘤与所有其他组织中均呈显著差异表达的基因。其中包括10个新发现的尚未被注释的蛋白编码基因并命名为hrg1~hrg10。功能富集分析显示, 这些差异表达基因主要参与透明质酸结合、细胞增殖、细胞外基质重塑等生物学过程。其中, 筛选出的关键候选基因tgfbr1b、col7a1、tnfaip6、hapln1a和alpl在其他组织表达水平极低或呈沉默状态, 可能在头瘤形成过程中的成纤维细胞过度增生中发挥关键作用。本研究揭示了金鱼多个组织全基因组表达特征, 丰富了金鱼的组织转录组学数据, 并为金鱼头瘤性状的发育机制研究提供了关键候选基因资源。