为阐明多子小瓜虫(Ichthyophthirius multifiliis)感染黄鳝(Monopterus albus)引起的病理学变化及不同小瓜虫株系间的遗传多样性，本研究对自然感染小瓜虫的黄鳝进行了组织病理学分析，并基于线粒体cox-1和nad1_b串联序列分析了我国小瓜虫株系间的遗传结构和遗传差异。组织病理学分析结果显示，小瓜虫主要寄生于黄鳝体表及咽部表皮基底层，引起表皮隆起与破损、基部出血以及黏液细胞体积增大等特征性病变。多重序列比对结果显示，黄鳝源小瓜虫HB12分离株与已报道的40个小瓜虫分离株间存在91个核苷酸变异位点和32种单倍型，其中HB12属于新单倍型(Hap_1)。遗传多样性参数结果显示，引入HB12后，我国小瓜虫分离株群的单倍型多样性(Hd)为1.0、核苷酸多样性(Pi)从0.01335降低至0.01318，总体呈现出高单倍型多样性(Hd>0.5)和高核苷酸多样性(Pi>0.005)。系统发育树和单倍型网络图分析结果显示，HB12与5个采集于中国湖北省的小瓜虫分离株(HB6、HB10、HB11、HB3、HB2)聚为一枝，并与其它地理株系显著分离，表明寄生宿主的地理位置差异是驱动小瓜虫株系间遗传分化的主要因素。本研究首次揭示了小瓜虫对黄鳝的致病特征及其遗传结构特征，为解析小瓜虫病的发生规律及其跨地区传播防控提供了科学依据。