刀鲚(Coilia nasus)作为长江流域重要的洄游性经济鱼类，在市场监管中其来源判别亟需有效的地理溯源技术。本研究以长江不同站点的刀鲚为对象，通过元素指纹图谱法(EFA)分析其肌肉、皮肤和骨骼组织中20种矿物元素的组成差异，旨在筛选适合溯源的生物标记组织并优化判别模型。结果表明：通过PCA和LDA散点图，发现刀鲚的皮和骨组织的元素组成的交叉性较高，判别准确率低，溯源效果不佳。相反，长江不同站点刀鲚肌肉特征元素组成不同，其中安庆的特征元素为Cr，显著高于其他站点；泰州的特征元素为Hg和Na，均显著低于其他站点；上海的特征元素为Ba，显著高于其他站点，而Mo和K为三个站点的差异元素。多元分析筛选出了刀鲚肌肉的Na、Mo和Ba 3个判别元素在长江三个站点间具有不同的空间分布。通过元素指纹图谱分析，发现肌肉组织是用于刀鲚地理溯源分析的最佳组织样本。基于筛选出的判别元素，可实现对刀鲚新样本来源的有效溯源与验证，且鉴别成功率较高。该研究成果为市场监管中非法捕捞样品的溯源监管提供了可靠的技术支撑，可对长江刀鲚野生资源进行有效保护。