• 2018年第25卷第4期文章目次
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    • 2018年25卷第4期封面

      2018, 25(4):0-0.

      摘要 (88) HTML (0) PDF 3.27 M (245) 评论 (0) 收藏

      摘要:

    • 2018年25卷第4期目录

      2018, 25(4):0-0.

      摘要 (110) HTML (0) PDF 203.28 K (289) 评论 (0) 收藏

      摘要:

    • 中国渔业生物DNA条形码信息平台构建及应用

      2018, 25(4):705-713.

      摘要 (1077) HTML (421) PDF 1.25 M (422) 评论 (0) 收藏

      摘要:构建DNA条形码数据信息系统是规范管理DNA条形码数据和实现数据共享的有效解决方案。项目在采集我国重要渔业生物的凭证标本及相应DNA条形码的基础上,通过统一提交数据的规范格式,实现物种、凭证标本和DNA条形码的三级关联,构建了中国渔业生物DNA条形码信息平台(http://www.fishery-barcode.cn)。该平台数据信息由物种名录数据库、凭证标本数据库和DNA条形码数据库组成,涵盖6020种渔业生物的凭证信息和DNA条形码资源。平台能够提供方便的网络查询,实现未知渔业生物样本的DNA条形码物种鉴定。研究首次构建涵盖我国重要渔业生物的DNA条形码信息平台,通过平台实现国内外数据共享和合作交流,为渔业生物分类、种质资源利用、濒危物种保护和水产品物种物种鉴定提供重要数据资源。

    • 环境DNA在水域生态中的研究进展

      2018, 25(4):714-720.

      摘要 (1412) HTML (380) PDF 325.10 K (415) 评论 (0) 收藏

      摘要:环境DNA(environmental DNA,eDNA)是指生物通过皮肤脱落、唾液、配子、粪便以及分泌物等方式向环境中释放的游离DNA。环境DNA具有敏感性、准确性以及容易操作等诸多优势,更能实时地反映物种多样性以及生物量等,近两三年受到了世界各地学者们的大量关注。水域环境高度复杂,环境DNA在水域生态领域具有重要的应用价值。本文主要从环境DNA在水域生态的应用以及研究方法方面对环境DNA的研究做一小结,同时介绍环境DNA在其他生境的应用,以期为水域生态的研究提供参考。

    • 基于DNA条形码技术对江门沿岸海域夏季鱼卵的鉴定

      2018, 25(4):721-727.

      摘要 (517) HTML (326) PDF 1.22 M (416) 评论 (0) 收藏

      摘要:以江门沿岸海域夏季采集到的鱼卵研究对象,利用DNA条形码技术分析鉴定鱼卵种类。本研究获得鱼卵个体有效线粒体COI序列信息217个,测序成功率为68.5%。经BOLD数据库比对分析,成功鉴定鱼卵5目14科19属20种(未知种2种);种内遗传距离为0~0.006,平均遗传距离为0.002,种间遗传距离为0.149~0.325,平均遗传距离为0.255,种间遗传距离为种内遗传的128倍;鱼卵样品以鲈形目数量最多,占51.8%;鲱形目次之,占24.8%;其中鱼卵优势种为黄斑鲾(Megalaspis cordyla)、粗鳞鮻(Harpadon nehereus)、亚洲鱚()。本次调查川山群岛东部海域获得鱼卵数量、鱼卵种类数均最多,是江门沿岸海域日本鳀、龙头鱼的主要产卵场;黄茅海、镇海湾西部水域均未获得鱼卵,可能与水域环境变化及陆源污染导致产卵环境破坏、亲体量减少有关。该研究结果揭示了江门沿岸海域夏季鱼卵分布格局,为其制定有效的产卵场保护措施提供依据,同时表明DNA条形码技术能有效地对鱼卵进行种类鉴定,可被广泛地应用于我国沿海海域鱼卵鉴定工作。

    • 南极鱼类DNA条形码及分子系统进化研究

      2018, 25(4):728-736.

      摘要 (598) HTML (309) PDF 856.89 K (397) 评论 (0) 收藏

      摘要:本文采用COI基因兼并引物对15种36个南极鱼类DNA进行扩增测序,并结合GenBank已有序列进行联配分析,对南极鱼2科22属43种共97条COI基因片段(539 bp)进行序列比较和系统发生关系研究,探索了DNA条形码技术在辅助鱼类物种鉴定和分类中的适应性与可行性。结果分析表明,43种南极鱼科和鳄冰鱼科的鱼类COI基因的平均碱基组成为T:31.9%、G:18.3%、A:22.2%和C:27.6%,具有明显的碱基偏倚性。南极鱼类的种间平均距离为0.157,种内平均遗传距离为0.002,种间平均遗传距离是种内平均距离的79倍;系统分析结果显示,除南极小带腭鱼()外,其余的鱼类皆能够形成独立的分支,且与形态学分支一致。由此可见,DNA条形码对南极鱼亚目鳄冰鱼科和南极鱼科鱼类能够进行有效的物种鉴定,基于COI基因所建的NJ(neighbor-joining)树对物种分类具有较为准确的辨识力。系统发生关系表明,DNA条形码可以对除南极小带腭鱼()外的南极鱼物种进行鉴定,不仅可以作为形态学的辅助手段为南极鱼分类系统的必要补充和佐证,并且可以用于探讨南极鱼类近缘种的系统发育关系。

    • 石斑鱼生物学及人工繁育研究进展

      2018, 25(4):737-752.

      摘要 (1389) HTML (386) PDF 833.00 K (490) 评论 (0) 收藏

      摘要:石斑鱼(Epinephelidae)是名贵的海产鱼类,主要栖息于热带亚热带近岸岩滩和珊瑚礁水域,是岩礁生态系生物群落的重要类群。本文对国内外石斑鱼类生物学、生态学、渔业资源及人工繁育养殖的研究成果进行梳理,综合报道石斑鱼类的形态比较特征,栖息、摄食和繁殖习性,系统演化与分类,种类地理分布,人工繁育等研究进展以及养殖发展概况;报道全球石斑鱼自然资源明显衰退的现状评估以及对石斑鱼资源保护的共识和相关的渔业管理措施。此外,根据作者多年开展的鱼类遗传生物学研究,指出强化我国海域野生石斑鱼资源保护工作,深入开展杂交石斑鱼的基础生物学研究,加强石斑鱼杂交选育行业管理,是我国石斑鱼渔业产业可持续发展的必要保障。

    • 雅鲁藏布江拉萨裂腹鱼、异齿裂腹鱼及其自然杂交种的形态与COI基因条形码分析

      2018, 25(4):753-761.

      摘要 (889) HTML (368) PDF 879.16 K (485) 评论 (0) 收藏

      摘要:2015年5月,在西藏雅鲁藏布江中游的桑日、朗县段水域开展鱼类调查,发现了1种疑似为拉萨裂腹鱼()的自然杂交种群体。形态学研究显示,该种的吻、口部、下颌、须等头部上的形态特征居于拉萨裂腹鱼和异齿裂腹鱼之间,并明显区别于双亲,且群体中个体的头部形态稳定一致,均具有典型的中间型特征,个体间没有明显差异。基于线粒体COI基因条形码分析显示,在杂交种群体共15个样本中,有4个与拉萨裂腹鱼为同源,其余11个与异齿裂腹鱼为同源,各自间的亲缘关系很近,即杂交种群体中既有属于拉萨裂腹鱼遗传基因的个体,也有属于异齿裂腹的遗传基因的个体。综合以上研究表明,拉萨裂腹鱼和异齿裂腹鱼在雅鲁藏布江中游的桑日等自然水域中能够自由杂交而产生后代,且两者都可以互为父母本,但以异齿裂腹鱼为母本产生的杂交种在群体中占多数,推测特殊的生态环境可能促使拉萨裂腹鱼和异齿裂腹鱼在自然水域中容易杂交。

    • 基于线粒体COI基因的部分鲇形目鱼类系统发育研究

      2018, 25(4):762-771.

      摘要 (441) HTML (298) PDF 860.34 K (382) 评论 (0) 收藏

      摘要:本文选择COI基因片段作为分子标记,对部分鲇形目鱼类(Siluriformes)进行系统发育研究。应用通用引物PCR扩增得到13种鲇形目鱼类的134条COI基因,并与GenBank中获得15种鲇形目鱼类的51条COI基因进行比对分析。结果显示:鲇形目鱼类COI基因存在碱基插入缺失现象较少,为越南隐鳍鲇(Pelteobagrus fulvidraco)3种共计5个位点;平均碱基含量A+T(55.5%)显著高于G+C(44.5%)。利用Kimura’s 2-parameter计算28个物种的种间平均遗传距离为0.195,23个物种的种内平均遗传距离为0.006。系统发育树的分析结果表明,Neighbour-Joining(NJ)树较Maximum Likelihood(ML)树更为适合鲇形目鱼类的遗传发育分析;COI基因在科及其以下水平的系统进化关系与传统分类方法所认同的结果一致性较高,达到82.9%以上;在目水平的一致性的可信度较低,仅为71%;半鲿属聚为单系类群,黄颡鱼属、鮠属和拟鲿属三者聚为一支,黄颡鱼属与拟鲿属的亲缘关系较近。

    • 线粒体COI基因条形码在鲿科鱼类物种鉴定中的应用

      2018, 25(4):772-782.

      摘要 (487) HTML (293) PDF 782.21 K (461) 评论 (0) 收藏

      摘要:为了探讨线粒体COI基因作为DNA条形码在中国鲿科(Bagridae)鱼类物种鉴定中的有效性,以及系统发育中的适用性,本研究对4属11种鲿科鱼类进行PCR扩增,获得48条线粒体COI基因序列,同时从GenBank筛选获得8种鲿科鱼类的12条COI基因序列进行分析。19种鲿科鱼类的COI基因序列特征显示:长度为674 bp的COI序列片段平均碱基组成为24.82% A,30.44% T,27.10% C和17.64% G,碱基组成呈现明显的AT偏倚性(55.26%),具有硬骨鱼类的线粒体COI基因的碱基组成的典型特征。核苷酸位点中有变异位点226个,简约信息位点195个,单一信息位点31个,转换颠换比为3.35。19种鲿科鱼类的种内、种间和属间平均遗传距离分别为0.0041、0.1136和0.1268,种间遗传距离平均为种内遗传距离的27.7倍。在本研究中,鲿科鱼类所有的物种均形成单系,在物种鉴别上与形态学分类结果基本一致,然而鲿科的4个属中只有鱯属形成单系,黄颡鱼属、鱚属和拟鲿属均未形成单系,其进化地位需要进一步研究。线粒体COI基因作为条形码可有效对鲿科鱼类进行物种鉴定,也为鲿科的系统发育提供了参考。

    • 基于COI序列的长江中上游鲢6个地理群体遗传多样性分析

      2018, 25(4):783-792.

      摘要 (449) HTML (290) PDF 633.06 K (412) 评论 (0) 收藏

      摘要:为了对长江中上游鲢()种质资源现状进行监测和评价,本研究利用线粒体细胞色素C氧化酶I(cytochrome c oxidase subunit I)基因(COI)对长江中上游宜宾、忠县、万州、石首、监利、湘江6个鲢群体进行了遗传多样性分析。结果表明,在648 bp的COI序列中共检测到42个变异位点,其中单变异位点14个,简约信息位点28个。6个群体123个个体共定义了26个单倍型,单倍型多样性为0.0476~0.0945,核苷酸多样性为0.00196~0.00982。6个鲢群体总体遗传多样性丰富,万州群体单倍型多样性和核苷酸多样性均最高,忠县群体单倍型多样性最低,核苷酸多样性最低的为石首群体。遗传变异主要来自群体内个体间,单倍型网络图和系统进化树显示各群体的单倍型没有形成明显的地理格局。此外,上游宜宾群体和万州群体与中游的石首、监利和湘江群体具有明显的遗传分化,中游的监利群体与石首群体和湘江群体也有一定的遗传分化,上游群体和中游群体应该分属于长江水系两个不同的种群。

    • 基于DNA条码基因的鳢科鱼类系统进化与物种鉴定

      2018, 25(4):793-802.

      摘要 (1130) HTML (265) PDF 765.61 K (377) 评论 (0) 收藏

      摘要:鳢科(Channidae)鱼类在亚洲分布广泛,其中中国的土著种类是重要养殖品种,国外很多种类主要作为观赏鱼引进我国。本研究利用线粒体COI基因序列,对分布于我国的鳢科鱼类不同种群样本序列,及在GenBank中获得其他鳢科鱼类的序列进行分析,探讨其作为DNA条形码基因对鳢科进行物种鉴定和系统进化分析的可行性。通过对本研究采集的149个鳢样本和122条GenBank中已有序列进行分析,结果显示,所研究的鳢科鱼类的COI基因576 bp片段中不存在碱基插入缺失现象,其平均碱基含量A+T(51.4%)高于G+C含量(48.6%),存在偏倚性;多态位点占47.2%。利用Mega 6.0软件基于Kimura’s 2-parameter模型计算25种鳢种内平均遗传距离为0.028,其中巴卡鳢()种内遗传距离最大,为0.137,超过了某些种间遗传距离;种间遗传距离为0.030~0.302,平均为0.217。其中最大距离0.302为饰鳍鳢()之间,甚至超过了与外群之间的距离。利用邻接法(Neighbour-Joining,NJ)和最大似然法(Maximum Likelihood Tree,ML)分别构建系统进化树,同种个体获得较高支持率,而不同种间的关系支持率较低,同时发现存在由多个种组成的巴卡鳢和南鳢复合支系。本研究表明,进行我国土著鳢科鱼类物种鉴定时COI基因是有效的工具,而进行外来观赏鱼鉴定,尤其是巴卡鳢、斯氏鳢等物种进行鉴定时,需结合多方面信息;COI基因不适合鳢科鱼类种间遗传进化关系的研究。

    • 中国达氏鳇野生群体和两个养殖群体的线粒体遗传多样性分析

      2018, 25(4):803-810.

      摘要 (1336) HTML (366) PDF 646.39 K (522) 评论 (0) 收藏

      摘要:达氏鳇(基因和D-loop区域的多态性信息评估了黑龙江抚远段野生群体、北京房山国家级鲟鱼原种场的保种群体及浙江衢州国家级鲟鱼良种场的繁殖群体等3个达氏鳇群体的遗传多样性水平。所有测试个体在Cyt 单倍型,而在D-loop区域中发现了9种单倍型,对于D-loop区,单倍型多样性()仅为0.00213。在8尾野生个体中检测到6种D-loop单倍型,2个养殖群体共计58尾个体共计检出5种D-loop单倍型个体。分析结果显示:野生达氏鳇群体遗传多样性极低,历史上可能经历过严重的遗传瓶颈,同时达氏鳇人工繁殖过程中每批次可能只有极少个体参与了繁殖。此外,基于Cyt Huso)的分类地位得不到有效的分子生物学数据支持。

    • 中国绥芬河三块鱼不同群体的种属划分及起源

      2018, 25(4):811-818.

      摘要 (447) HTML (286) PDF 740.24 K (406) 评论 (0) 收藏

      摘要:为进一步明确中国绥芬河三块鱼属(hakonensis)、三块鱼()及二者疑似杂交种与日本珠星三块鱼共53尾样本的COI基因序列进行了分析和比较。COI有效序列长度为637 bp,共检测到8种单倍型,其中三块鱼独享4种、珠星三块鱼独享3种、日本珠星三块鱼独享1种;疑似杂交种虽与三块鱼共享2种单倍型,却有80%的个体的单倍型与珠星三块鱼主效单倍型一致。系统进化分析显示,珠星三块鱼与珠星三块鱼南方型(sourthern forms of hakonensis)聚为一支,三块鱼()单独聚为一支,由此可以确定日本海大彼得湾经俄罗斯滨海区溯河到中国河区产卵的三块鱼实为珠星三块鱼南方型和三块鱼。遗传距离结果显示,珠星三块鱼南方型和北方型的遗传距离为0.023,符合COI类群间的划分依据(>0.02),支持将它们划分为两个有效种或亚种更妥当。依据COI分析结果,推测珠星三块鱼南方型和三块鱼存在杂交的可能性,提出了三块鱼野生种质资源保护和合理利用的相关建议。

    • 新疆赛里木湖3种引进白鲑鱼类的DNA条形码分析

      2018, 25(4):819-826.

      摘要 (354) HTML (275) PDF 594.77 K (435) 评论 (0) 收藏

      摘要:本研究采用DNA条形码技术对新疆赛里木湖引进种贝加尔凹目白鲑(Coregonus nasus)进行了种质鉴定和遗传多样性分析。单倍型检测发现,3种白鲑共检测到15种单倍型,其中贝加尔凹目白鲑独享5种,宽鼻白鲑7种,高白鲑5种,后二者共享2种单倍型为高白鲑特有单倍型,表明二者存在不同程度的基因交流,高白鲑可能将其基因通过杂交渐渗到宽鼻白鲑群体内。系统发育分析显示,15种单倍型分成3组分别聚类在3个不同分支上,每个分支所属白鲑分别与其发表序列聚在一起,表明赛里木湖引进的3种白鲑仍保持着原种良好的种源特性;而贝加尔凹目白鲑的近缘种秋白鲑()则单独聚为一支,与贝加尔凹目白鲑的遗传距离最大(0.027),支持将二者划分为两个独立种。遗传多样性分析显示,3种白鲑的遗传多样性适中,但由于宽鼻白鲑存在杂交的可能性,因而其遗传多样性高于贝加尔凹目白鲑和高白鲑。建议赛里木湖渔业生产部门继续在繁殖、捕鱼等生产方式上进行科学规划,引进先进的种质鉴定技术,避免人工杂交造成的种质污染;同时维持和提高白鲑属鱼类的遗传多样性,保证湖区特色渔业的可持续发展。

    • 基于线粒体Cyt b基因序列的绿鳍马面鲀6个野生群体的遗传结构分析

      2018, 25(4):827-836.

      摘要 (472) HTML (306) PDF 838.97 K (412) 评论 (0) 收藏

      摘要:利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,Cyt )6个野生群体(大连、秦皇岛、蓬莱、日照、舟山和汕头)的遗传多样性和群体遗传结构。结果显示,在176个个体915 bp的Cyt 部分序列中共检测到32个变异位点和30个单倍型;6个群体的单倍型多样性为0.883~0.953,核苷酸多样性0.0032~0.0039;群体间固定指数较小,呈中低度分化;AMOVA分析表明,遗传变异主要来源于群体内,群体间遗传分化未达到显著水平。群体历史动态分析表明,绿鳍马面鲀在16.9万~42.2万年前经历种群扩张。总体上,各群体间的遗传分化较小,并未形成相应的地理支系,推测黑潮的输送作用以及绿鳍马面鲀的洄游习性维持了各群体间高强度的基因交流;中更新世中晚期的气候波动对绿鳍马面鲀的种群扩张以及地理分布格局可能具有重要影响。本研究结果加深了人们对于绿鳍马面鲀资源情况的认识,为绿鳍马面鲀资源的保护和合理利用提供了理论依据。

    • 于线粒体COI基因的6个黄鳝群体遗传多样性

      2018, 25(4):837-846.

      摘要 (576) HTML (274) PDF 1.31 M (416) 评论 (0) 收藏

      摘要:为研究我国主要养殖区域黄鳝()的遗传多样性,利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(cytochrome C oxidase subunit I,COI)基因对来源于湖北、江西、安徽、湖南、重庆和山东的6个黄鳝群体共187个样本进行遗传多样性分析。结果表明长度为646 bp的COI基因序列在6个群体的碱基含量基本相同,碱基T、C、A和G的平均含量分别为27.7%,30.7%,24.5%和17.1%,包括61个变异位点,其中单位点突变16个,简约信息位点45个,变异位点以C/T间的转换为主。6个群体中共检测到38种单倍型,单倍型多样性(Hd>0.8),湖南群体和江西群体的遗传多样性次之(<0.5)。6个群体间有显著的遗传分化,基因交流贫乏(<1)。群体分子变异分析(AMOVA)显示,6个黄鳝地理种群群体内的遗传变异高于群体间的遗传变异,其遗传变异主要发生在群体内部。遗传结构和系统发育树显示湖南群体与其他5个群体的遗传关系较远。重庆群体可能由单一或很少几个群体进化而来的,起源比较单一。就目前而言,黄鳝野生种质资源遗传多样性丰富,苗种频繁流动和人工养殖尚未对其种群结构造成较大影响,仍有较强的环境适应能力和良好的育种潜力。

    • 利用DNA条形码COI基因分析我国重要贝类系统进化关系

      2018, 25(4):847-857.

      摘要 (498) HTML (419) PDF 911.49 K (418) 评论 (0) 收藏

      摘要:DNA条形码旨在通过PCR技术获得一段DNA序列,在物种水平上对现存生物类群和未知生物材料进行识别和鉴定。线粒体细胞色素C氧化酶I(COI)基因是常用DNA条形码基因之一,为研究COI基因作为DNA条形码在贝类系统进化中的评估效果,本文利用PCR技术扩增获得了60个贝类物种的353条COI基因序列,通过聚类法构建了neighbor-joining(NJ)进化树,同时还对7个物种不同地理群体的遗传进化情况进行了分析。结果表明,选用的COI基因引物在大多数贝类中通用性较强,除在珍珠贝目中的扩增效率只有10%以外,在整个研究中扩增效率达到82.7%;60个物种中除太平洋潜泥蛤(Scapharca broughtoni)等8个物种在进化树中的进化地位与传统系统分类具有一定差别外,其他物种的聚类关系与传统分类基本一致;对7个物种、共26个地理群体的聚类分析发现,COI基因基本能对同一物种的不同地理群体进行聚类,只有极个别群体或群体中的某个个体存在聚类混乱现象。综上所述,COI基因在一定程度上适用于贝类物种鉴别和系统发育研究,丰富了COI基因在物种鉴别应用中的科学数据。

    • 基于线粒体COI序列的DNA条形码在中国海口足类物种鉴定中的应用分析

      2018, 25(4):858-866.

      摘要 (980) HTML (319) PDF 1.65 M (377) 评论 (0) 收藏

      摘要:中国海口足类动物区系具有丰富的物种多样性,是我国海洋底栖生物中的重要经济类群。口足类的属内种间鉴别特征有的极为相似,仅依靠传统的形态分类方法很难对近缘种和疑难种进行准确的鉴定。DNA条形码技术可以弥补传统形态学鉴定的某些局限,为物种鉴定提供了有效的工具。该研究探讨了利用线粒体COI序列对中国海口足类进行物种鉴定的可行性,共获得口足目4总科6科24属38个种的204条线粒体COI序列,与GenBank收录的14种42条口足类同源序列进行比对,结果显示口足类COI基因不存在碱基插入缺失现象,碱基组成偏倚明显,A+T含量(63.5%)显著高于G+C含量(36.5%)。基于Kimura双参数模型计算遗传距离,结果显示遗传距离随着分类阶元的增高而增大。同物种种内个体间的遗传距离变化范围在0%~3.91%,平均值为0.76%。同属内各物种间的遗传距离变化范围为6.55%~18.99%,平均值为12.91%。同科内不同属间的遗传距离变化范围为9.16%~23.32%,平均值为16.89%。不同科间的遗传距离变化范围为16.52%~26.6%,平均值为21.31%。由此可见,口足类COI基因的种间和种内遗传距离存在明显的间隙。基于COI序列构建的口足类邻接关系树显示所有包含大于1个个体的物种均可形成单系群,且节点支持率均为100%。本研究证明了COI序列作为DNA条形码标准基因在口足类物种鉴定中的有效性。此外,研究发现中国沿海分布的口虾蛄可能至少存在两个隐存种,实证了基于COI序列的DNA条形码技术能够用于口虾蛄隐存多样性的探究。

    • 基于线粒体COI基因序列的磷虾目分子系统进化

      2018, 25(4):867-879.

      摘要 (792) HTML (277) PDF 1.14 M (409) 评论 (0) 收藏

      摘要:为探讨磷虾目物种的系统进化关系,以磷虾目的50种磷虾为研究对象,分析其线粒体COI基因序列的分子变异,构建系统发育树,初步探讨了磷虾种属间亲缘关系。所分析COI基因可比序列长度为519 bp,共包含258个变异位点,全部为碱基替换,无插入/缺失位点。四种碱基含量分别为A 27.58%、T 35.47%、G 18.88%、C 18.07%,碱基A+T含量(63.05%)显著高于G+C含量(36.95%),表现出明显的T偏倚特点。50种磷虾的种间遗传距离为0.065~0.306,其平均值为0.186;而种内遗传距离为0~0.071,其平均值为0.017,平均种间距离约为种内距离的11倍。根据物种鉴定最小种间遗传距离0.020的观点,COI基因序列间的差异能够很好地区分各磷虾种。基于COI基因分别构建了4种系统进化树:邻接树(neighbor-joining,NJ)、极大似然树(maximum likelihood,ML)、最大简约树(maximum parsimony,MP)及UPGMA(unweighted pair-group method with arithmetic means)树。它们拓扑结构基本一致,均可分为三大支系:假磷虾属处于系统树的基部,是磷虾目中最早分化出来的一支;而包含磷虾种类最多的磷虾属则最后分化出来,表明其为磷虾类中相对较新的一个属。本研究较全面地阐述了磷虾目的系统进化关系,结果表明磷虾目的线粒体COI序列变异可以用来研究磷虾属、种的分类单元及其系统进化问题,具有较好的理论和应用价值。

    • 不同DNA条形码基因在帘蛤目贝类分类鉴定中的比较分析

      2018, 25(4):880-890.

      摘要 (418) HTML (282) PDF 1.56 M (393) 评论 (0) 收藏

      摘要:DNA条形码基因已经广泛应用在海洋贝类的分类鉴定、系统发育进化、种群遗传分析等领域的研究。为进一步研究评估不同DNA条形码基因在海洋贝类鉴定中的作用,本研究利用从GenBank数据库随机下载的帘蛤目COI、16S rRNA、18S rRNA和28S rRNA基因序列,通过传统距离法和单系聚类法结合分析,比较了上述DNA条形码基因在鉴定物种及系统发育进化中的鉴定效率,并以本实验室已获得的部分贝类DNA序列进行了验证。结果表明,根据“10倍法则”和“2%”阈值标准,本研究中COI能够鉴定57.1%物种,16S rRNA能够鉴定60.9%,18S rRNA鉴定16.7%,而28S rRNA无法有效鉴定;多数种COI和16S rRNA基因序列的种间遗传距离和种内遗传距离存在“条形码间隙”,而18S rRNA和28S rRNA序列的种间和种内的遗传距离存在显著重叠,没有明显“条形码间隙”;聚类分析结果表明,基于COI基因序列,87.9%的个体与同种聚为单系,以16S rRNA序列,65.6%的个体与同种聚为单系,未聚成单系的个体则形成姐妹系,未出现不同种聚为单系现象,能够呈现与形态分类基本一致的系统发生关系;但18S rRNA和28S rRNA呈现的聚类关系相对混乱。相对而言,在鉴定帘蛤目物种时,COI和16S rRNA都能够作为条形码基因,且COI有效性更高,18S rRNA和28S rRNA基因由于种内变异较大,不适于作为条码基因。研究结果为科学选用DNA条形码基因进行帘蛤目贝类的鉴定提供了参考资料。

    • 基于COI和16S rRNA的库页岛马珂蛤遗传多样性和分子系统进化研究

      2018, 25(4):891-901.

      摘要 (435) HTML (279) PDF 537.89 K (406) 评论 (0) 收藏

      摘要:本研究以库页岛马珂蛤()为研究对象,讨论COI和16S rRNA两种DNA条形码在贝类的遗传多样性、分子进化和种类鉴定的适用性,并利用两种条形码评估库页岛马珂蛤的遗传多样性。本文在获得库页岛马珂蛤线粒体全基因组的基础上,测序获得库页岛马珂蛤群体的COI和16S rRNA序列,发现COI基因核苷酸多样性为0.00195,高于16S rRNA核苷酸多样性(0.00073)。基于COI基因的单倍型多样性为0.76,大于16S rRNA的单倍型多样性(0.318)。其次,用全线粒体基因组构建8种贝类的系统进化树为参考,发现基于COI和16S rRNA的系统进化树与参考一致,提示这两种条形码片段可用于推断贝类的分子进化关系。最后,分别对马珂蛤科和帘蛤科15属17种贝类的COI基因和16SrDNA进行序列比较,发现COI基因和16S rRNA的种间遗传距离均是种内距离的62倍。以上结果说明,16S rRNA与COI基因一样,能有效地构建马珂蛤科和帘蛤科的系统发育关系和物种鉴定,但在分析库页岛马珂蛤的遗传多样性时利用COI基因比16S rRNA能发现更多的遗传变异。

    • DNA条形码在渔业生物多样性保护中的应用

      2018, 25(4):902-914.

      摘要 (538) HTML (324) PDF 533.25 K (548) 评论 (0) 收藏

      摘要:生物多样性与人类存亡休戚相关,保护生物多样性是实现人类社会可持续发展的基础。本文立足我国渔业生物多样性现状,针对我国渔业生物过度开发和保护不足等难题,提出了通过开展渔业生物DNA条形码研究来推动我国渔业生物多样性学科发展的思路,详细阐述了DNA条形码在渔业生物资源可持续开发、物种分类鉴定、生物多样性监测、外来物种评价、水产品市场监管、渔业信息化等多个领域的应用现状,进一步展望了DNA条形码可以成为渔业生物区系研究、水域生态研究、电子分类技术以及宏DNA条形码新技术等多个方面的研究热点,呼吁扎实推进我国渔业生物DNA条形码数据库和信息化平台的建设和共享。

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