2. 农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室,中国水产科学研究院黄海水产研究所,山东 青岛 266071
3. 青岛海洋科学与技术试点国家实验室,海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室,山东 青岛 266273
2. Key Laboratory of Sustainable Development of Marine Fisheries, Ministry of Agriculture and Rural Affairs; Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China
3. Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Functional Laboratory of Marine Fishery Science and Food Production Process, Qingdao 266273, China
近江牡蛎(Crassostrea ariakensis)属广盐性双壳贝类,生存的适宜盐度范围为5~25,多栖息在江河入海口或内湾区域,在我国从南向北沿海的多数河口区均有分布[1-2]。近些年,由于环境变化、过度捕捞等多种因素,造成我国北方近江牡蛎野生资源量急剧下降[3]。同时,由于未经驯化的近江牡蛎幼虫对高盐水体的适应能力相对较差,限制了正常海水盐度下的人工繁育和养殖规模。不过近江牡蛎具有较强的盐度适应可塑性,通过逐步驯化能够显著提升其高盐适应能力,但适应机制的相关研究还比较匮乏[4-5]。
盐度是影响海水贝类新陈代谢及生长发育的重要环境因子之一,机体可以通过生理调节来适应盐度变化[6]。盐度变化对贝类生理生化方面的影响均有很多报道。例如,科氏牡蛎(Crassostrea corteziensis)在不同盐度养殖条件下,其生长速度和耗氧量会随着盐度的升高而降低[7];低盐度胁迫会导致河口蛤(Paphia laterisulca)消化管严重破坏,上皮细胞空泡化和坏死[8];盐度升高时,方斑东风螺(Babylonia areolate)的消化酶活性会随时间先升高再降低[9];香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)鳃组织中Na+-K+-ATP酶活性和总抗氧化能力(T-AOC)会随盐度的升高呈上升趋势[10];高盐胁迫后,河蚬(Corbicula fluminea)的摄食率下降,Na+-K+-ATP酶、Ca2+-ATP酶和Mg2+-ATP酶活性先降低后升高[11]。生物机体可以通过调节离子和氨基酸的浓度等方式来适应盐度胁迫[6]。Henry等[12]发现马珂蛤(Rangia cuneata)体内游离氨基酸浓度随盐度降低而降低;软体动物能够从外部环境中主动吸收或排出Na+和Cl–,但当盐度变化超出适宜范围时,需要消耗自身能量调节渗透压来维持机体稳定[13-14]。牡蛎是等渗透压动物,当盐度发生变化时,可通过多种机制共同调节渗透压[15-16]。由于野生近江牡蛎生活在河口地区,常遭受盐度变化的胁迫,探究近江牡蛎渗透压调节机制具有重要科学意义。
溶质载体13 (solute carrier 13, SLC13)家族是SLC超家族中的一员,又称为钠-硫酸盐/羧酸盐协同转运蛋白(sodium-sulfate/carboxylate cotransporters),可协同转运Na+[17]。SLC13家族在哺乳动物中共有SLC13A1、SLC13A2、SLC13A3、SLC13A4和SLC13A5这5个亚家族,其中SLC13A1和SLC13A4的主要作用是介导转运阴离子,对维持机体硫酸根稳态具有重要意义[18]; SLC13A2、SLC13A3和SLC13A5主要参与柠檬酸循环代谢中间体的转运,直接影响代谢酶的活性[19-20]。SLC13可编码具有8~13个跨膜螺旋的转运蛋白,在哺乳动物中多分布在小肠、肾脏、肝脏、胎盘和脑组织中[21]。目前,SLC13家族在人类代谢疾病、家畜生长发育、肉类品质等方面的研究报道较多[21-24],但软体动物中较少。Wu等[25]的研究发现,相对于长牡蛎(Crassostrea gigas)、香港牡蛎和美洲牡蛎(Crassostrea virginica)等13种贝类,SLC13基因家族在近江牡蛎中发生了显著扩张,可能在盐度适应调节中发挥重要作用。
本研究利用生物信息学方法在近江牡蛎全基因组中鉴定出SLC13基因家族的11个成员,分析了它们的基因结构、基序组成、染色体定位和系统进化特征,并利用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)技术研究了所有成员基因在急性高盐胁迫后的表达变化规律,以期为深入探索SLC13基因家族在近江牡蛎渗透压调节过程中的作用提供参考数据。
1 材料与方法 1.1 CarSLC13基因家族成员的鉴定和蛋白特征分析鉴定CarSLC13基因家族成员的近江牡蛎基因组(CNA0022698)[25]和魁蚶(Scapharca broughtonii)基因组(CNA0022698)[26]数据来源于国家基因库(https://db.cngb.org),西印度石鳖(Acanthopleura granulata)基因组数据来源于Dryad数据库(https://datadryad.org/stash/dataset/doi:10.5061/dryad.wstqjq2k9)。同时在NCBI数据库中下载长牡蛎(GCA_902806645.1)、香港牡蛎(GCA_015776775.1)和中国真蛸(Octopus sinensis) (GCF_006345805.1)的氨基酸序列。以长牡蛎和香港牡蛎SLC13蛋白的氨基酸序列为参考,利用TBtools软件(v1.0987663)[27]的本地BLASTP程序在近江牡蛎基因组中进行搜索比对,最终筛选出CarSLC13基因家族成员。利用ExPASy (https:// web.expasy. org/protparam/)在线预测CarSLC13成员的分子量、等电点、不稳定系数和亲水性平均系数,用Euk- mPLoc 2.0 (http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/euk- multi-2/#)和CELLO v.2.5 (http://c ello.life. nctu.edu. tw)在线对CarSLC13成员进行亚细胞定位,运用TBtools软件进行染色体定位和可视化处理。
1.2 CarSLC13基因家族成员基因结构分析和系统进化树构建基于CarSLC13家族成员的CDS序列,分别在网站GSDS (http://gsds.gao-lab.org/)[28]在线绘制基因结构示意图,SMART (http://smart.embl.de/)[29]和MEME (https://meme-suite.org/meme/doc/meme. html)预测CarSLC13结构域和保守基序。根据本地BLAST结果,选取长牡蛎、香港牡蛎、中国真蛸、魁蚶和西印度石鳖5个物种43个SLC13氨基酸序列,使用ClustalX程序(https://www.ebi.ac.uk/Tools/ msa/clustalw2/)进行多序列比对,利用MEGA11软件中的最大似然法(ML)构建系统进化树。
1.3 盐度胁迫实验实验用近江牡蛎于2022年1月采自山东省丁字湾海区,平均壳长为(56.85±1.94) mm。胁迫实验前,近江牡蛎在水温20 ℃、盐度25的海水中充气暂养5 d,期间每天换水1次,早晚各投喂小球藻(Chlorella vulgaris) 1次。盐度胁迫时,将牡蛎转移到利用海水晶配置的盐度为40的水体中进行,其他养殖条件与暂养时相同,并分别在胁迫0 h、6 h和12 h 3个时间点取牡蛎鳃组织并迅速在液氮中速冻后,转移至–80 ℃保存用于RNA提取。
1.4 CarSLC13在高盐胁迫下的表达分析采用Trizol法提取RNA,利用微量分光光度计(NanoPhotometer™,德国)和琼脂糖凝胶电泳检测RNA的纯度和质量。使用HiScript III RT SurperMix for qPCR (Vazyme,中国)合成cDNA,利用Primer 6设计引物(表1),以β-actin基因为内参进行qRT-PCR检测CarSLC13成员在急性盐度胁迫前后的表达量。qRT-PCR反应体系(20 μL)包括:上下游引物各0.4 μL、模板cDNA 2 μL (500 ng/µL)、2×ChamQ SYBR Color qPCR Master Mix 10 μL和DEPC水7.2 μL。反应程序为:95 ℃预变性10 min后,以95 ℃变性10 s, 60 ℃退火30 s循环40次;熔解曲线:95 ℃ 15 s, 60 ℃ 60 s, 95 ℃ 15 s。反应结束后,利用2–△△Ct法计算基因相对表达量。使用SPSS (v26)进行单因素方差分析,GraphPad Prism (v8.0.2)制作基因表达柱形图。每组3个生物重复和3个技术重复。
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表1 实时荧光定量PCR实验中使用的引物 Tab. 1 Primers used in RT-qPCR experiments |
近江牡蛎基因组中共鉴定出11个SLC13基因家族成员,包括1个SLC13A1, 6个SLC13A2和4个SLC13A5,各家族成员的基因名称、蛋白序列长度和等电点等信息如表2所示。SLC13家族成员的氨基酸数目范围是107~857,分子量大小范围11.80~94.80 kD,其中SLC13A2f最长,为857 aa; CarSLC13A1a最短,为107 aa。CarSLC13A2成员的氨基酸长度整体上大于CarSLC13A5;蛋白质等电点范围为4.87~9.13,其中CarSLC13A5b等电点最小,CarSLC13A2f等电点最大。蛋白质不稳定系数小于40的包括CarSLC13A5c、CarSlc13A2a、CarSLC13A2b、CarSLC13A2c、CarSLC13A2e和SLC13A2f,其他大于40。蛋白疏水性计算分析表明,除CarSLC13A5d具有亲水性外,其他成员均存在不同程度的疏水性。亚细胞定位结果显示,CarSLC13蛋白一般位于细胞膜或细胞器膜中,其中CarSLC13A1a位于内质网或内膜中,CarSLC13A2b分布于细胞内的位置最多,包括细胞膜、内质网膜、细胞质和内膜中;
2.2 染色体定位分析SLC13基因家族所有成员在近江牡蛎染色体上的位置如图1。近江牡蛎染色体数目为2n=20, SLC13家族的11个基因定位在6条染色体,其中第5、7、9和10号条染色体上没有SLC13基因。CarSLC13A5b定位在第1号染色体上;CarSLC13A2a和CarSLC13A1a定位在第2染色体上;CarSLC13A2c、CarSLC13A5c和CarSLC13A2d定位在第3号染色体上;CarSLC13A2f定位在第4号染色体上;CarSLC13A5d和CarSLC13A5e定位在第6号染色体上;CarSLC13A2b和CarSLC13A5a定位在第8号染色体上。其中在第3号染色体上的SLC13基因可能发生了串联复制,分别是CarSLC13A2c和CarSLC13A2d。
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表2 CarSLC13基因家族蛋白质组成和理化性质 Tab. 2 Protein composition and physicochemical properties of the SLC13 gene family in Crassostrea ariakensis |
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图1 CarSLC13基因家族染色体分布示意图红色方框内标注的基因可能发生过串联复制,左侧为染色体长度标尺. Fig. 1 Chromosome location diagram of CarSLC13 gene familyThe genes marked in the red box may have undergone tandem duplication, and the left is the relative length of the chromosomes. |
图2a 所示的是CarSLC13家族11个成员的基因结构示意图。不同基因在染色体上的总长度有所不同,其中CarSLC13A2b最长,CarSLC13A5c最短。另外,从图中可以看出不同基因之间的内含子长度和数量存在差异,CarSLC13A5c的内含子数量最少,CarSLC13A2f内含子数量最多。
CarSLC13家族蛋白保守基序分析表明,所有成员共有10个motif (图2b),氨基酸序列长度在29~50 aa之间(表3)。11个家族成员中的基序数量不同,其中CarSLC13A1a只有motif 4,而CarSLC13A2f有10个motif。另外,多数家族成员有motif 1、motif 2、motif 4和motif 7,其中motif 1和motif 2数量最多。
保守结构域分析表明,所有的SLC13蛋白具有与Na+主动转运相关的钠-硫酸盐共转运蛋白跨膜区(sodium: sulfate symporter transmembrane region, Na_sulph_symp)结构域(图2c);除CarSLC13A1a,其他成员还存在柠檬酸转运蛋白(citrate transporter, CitMHS)结构域;仅有CarSLC13A2b具有短链脱氢酶(short chain dehydrogenase, adh_short)保守结构域。
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图2 CarSLC13基因家族结构域示意图 Fig. 2 Schematic diagram of the domains of the CarSLC13 gene family |
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表3 CarSLC13基因家族蛋白基序信息 Tab. 3 CarSLC13 gene family protein motif information |
聚类结果如图3所示,近江牡蛎、长牡蛎、香港牡蛎、魁蚶、中国真蛸等贝类SLC13家族成员聚在一起,而西印度石鳖SLC13基因家族所有成员单独聚为一支。在4种贝类中,多数来自于同一亚家族的成员先聚类,然后再与其他亚家族聚类,说明SLC13不同亚家族均具有较高的保守性。多数CarSLC13基因家族成员与长牡蛎、香港牡蛎聚类关系较近,魁蚶次之,西印度石鳖较远,与传统分类地位基本一致。
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图3 6个物种SLC13基因家族成员系统发育树Car:近江牡蛎;Cgi:长牡蛎;Cho:香港牡蛎;Sbr:魁蚶;Osi:中国真蛸;Agr:西印度石鳖. Fig. 3 Phylogenetic tree of SLC13 gene family members among six speciesCar: Crassostrea ariakensis; Cgi: Crassostrea gigas; CH: Crassostrea hongkongensis; Sbr: Scapharca broughtonii; Osi: Octopus sinensis; Agr: Acanthopleura granulate. |
与0 h时相比,CarSLC13基因家族的多数基因在急性高盐胁迫6 h和12 h的表达发生显著变化。如图4所示,CarSLC13A5与CarSLC13A2亚家族成员基因的表达量变化趋势相似,整体表现为先升高再降低的趋势;除CarSLC13A1a和CarSLC13A5b外,所有家族基因在6 h时的表达量最高。CarSLC13A1a、CarSLC13A5b和CarSLC13A5d这几个基因的表达变化值得关注,其中CarSLC13A1a的表达量变化趋势为先降低再升高,6 h和12 h相对于0 h表达量差异极显著(P<0.01), 6 h相对表达量最低且与12 h差异显著(P<0.05); CarSLC13A5b的表达量变化趋势随时间的增加而升高,12 h相对表达量最高,是0 h的1.5倍,而6 h和12 h相对于0 h表达量差异极显著(P<0.01); CarSLC13A5d相对表达量变化趋势为先升高后降低,6 h和12 h相对于0 h表达量差异极显著(P<0.01), 6 h相对表达量是0 h的7.5倍,12 h相对表达量是0 h的7倍。
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图4 CarSLC13基因家族成员相对表达水平*表示与0 h相比差异显著(P<0.05); **表示与0 h相比差异极显著(P<0.01). Fig. 4 Relative expression level of CarSLC13 gene family members* indicates significant difference compared with 0 h (P<0.05); ** indicates extremely significant difference compared with 0 h (P<0.01). |
在已报道的人、牛(Bos taurus)、猪(Sus scrofa)等多种生物的基因组中,SLC13基因家族包括5个亚家族,即SLC13A1、SLC13A2、SLC13A3、SLC13A4和SLC13A5[19,23-24],但是目前软体动物的相关报道较少,仅在近江牡蛎中报道了SLC13基因家族[25]。本研究在近江牡蛎基因组中共鉴定出11个SLC13基因家族成员,包括了1个CarSLC13A1成员,6个SLC13A2成员和4个CarSLC13A5成员,未鉴定到SLC13A3和SLC13A4的成员。本研究所选的长牡蛎、香港牡蛎、魁蚶和中国真蛸中也未鉴定到这两个亚家族成员,但西印度石鳖中有SLC13A3而无SLC13A4成员,说明SLC13基因家族在不同动物门中存在明显差异。
本研究亚细胞定位结果表明CarSLC13全部是膜蛋白,而且都表现出不同程度的疏水性,这与已报道的膜蛋白多具有较强的疏水性这一结论相一致[30-31]。由于pI主要由酸性氨基酸和碱性氨基酸的数量来决定,而多数CarSLC13成员蛋白的pI小于7.0,证明其可能是一类酸性蛋白。蛋白亚细胞定位发现,CarSLC13成员多数存在于内质网、线粒体和细胞膜或内膜的位置。牛、猪等多种生物SLC13基因家族成员蛋白(SLC13A1-A5)也主要定位在质膜、内质网和线粒体上[23],这与本研究结果相似。
真核生物在进化过程中经历了频繁的复制事件,包括全基因组复制、串联复制、片段复制及转座复制等多种不同的形式[32]。复制事件能导致基因数目的增加,其中串联复制是使基因家族成员数目变化的常见方式。Holub等[33]和Warner等[34]认为,基因家族的串联复制可能与动植物响应生物和非生物胁迫有关,基因家族成员数目的扩张可能有利于动植物应对逆境胁迫。Ramamoorthy等[35]研究发现,通过非生物和植物激素处理后的水稻WRKY基因家族的部分基因发生了串联复制。本研究中,近江牡蛎的第3号染色体上CarSLC13家族基因的串联复制增加了CarSLC13A2亚家族成员数目。同时,发生串联复制的CarSLC13A2c和CarSLC13A2d基因,在高盐胁迫后的基因表达发生了明显变化。这也说明基因家族的串联复制可能与机体响应胁迫有关。
本研究中一些CarSLC13基因家族成员共有motif,例如motif 1、motif 2、motif 4和motif 7,表明CarSLC13基因家族具有较高的保守性。然而,一些亚家族中仅有特定的基序,其中motif 4仅在CarSLC13A1亚家族中被发现,说明CarSLC13在不同的亚家族中表现出一定程度的功能多样性。一些结构域在生物分子和离子转运中发挥重要作用,例如Na_sulph_symp结构域能够整合膜蛋白介导摄入各种生物大分子,并伴随摄取Na+[36];柠檬酸转运蛋白(CitMHS)编码Mg2+-柠檬酸盐转运蛋白,和离子转运相关,在多数细菌离子转运中发挥作用[34,37]。本研究中的CarSLC13所有成员均具有Na_sulph_symp结构域,而且部分成员具有CitMHS,这表明CarSLC13在近江牡蛎渗透压调节中也应具有重要作用。Li等[38]发现近江牡蛎与香港牡蛎具有较高的基因共线性。CarSLC13基因家族与香港牡蛎、长牡蛎首先聚类,之后与魁蚶等其他物种聚类。另外,在6个物种中的进化分析发现,除西印度石鳖外,不同物种同一亚家族的成员首先聚在一起,这与传统分类地位关系基本一致。
溶质载体(SLC)是一种膜转运蛋白,能依赖Na+促进跨生物膜的各种底物运输[39],在机体渗透压调节中发挥作用。王萍等[40]发现盐碱胁迫青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)后,裸鲤肠道中的SLC4家族成员随胁迫时间均有明显上调表达趋势,认为SLC4基因家族能在生物体内参与HCO3-转运,维持细胞外pH以及离子平衡。有研究发现刺参(Stichopus japonicus)在受到低盐胁迫后,其呼吸树中SLC6成员的表达会随胁迫时间增加呈先增高后降低的趋势[41]。在本研究中,SLC13基因家族参与到了高盐急性胁迫响应中,但家族不同成员基因在响应过程中呈现表达差异,如CarSLC13A1a的表达呈现为先降低后升高的趋势,且差异极显著(P<0.01),而CarSLC13A5b的表达水平则随时间的变化而升高。结合上述的CarSLC13家族成员生物信息学分析结果,笔者认为CarSLC13家族在近江牡蛎的渗透压调节过程中发挥重要作用,研究结果可为后续深入探究近江牡蛎广盐适应机制提供重要的参考资料。
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