近年来因文蛤(Meretrix meretrix)异地移养频繁造成遗传背景不明, 对种质保护和选择育种工作造成了影响, 进而阻碍了产业的持续发展。为挖掘不同海域文蛤群体的种质资源状况, 评估子代群体的选育潜力, 本实验采用聚类分析、主成分分析、判别分析等多元统计方法以及 SSR 标记手段对 5 个不同海域文蛤群体及江苏子三代文蛤选育群体的亲缘关系进行联合分析。结果显示: (1)日本三重文蛤群体的表观性状与所供试的 5 个我国的文蛤群体都存在着显著性差异(P<0.05), 主成分分析及判别分析结果亦验证了该结果, 并且日本文蛤与我国文蛤的遗传差异也较大(F_st>0.1); (2)多元统计方法和 SSR 标记聚类分析所得结果一致, 江苏南通文蛤群体与其选育后代江苏子三代文蛤群体先聚为一类, 之后与广西文蛤聚为一类, 采自渤海湾的山东文蛤则与辽宁文蛤聚为一类, 之后我国文蛤聚类后与日本文蛤群体聚在一起。但通过 SSR 标记手段对个体进行鉴定的准确率(91.3%)高于多元统计方法 (62.78%); (3)江苏子三代文蛤选育群体与原种相比, 在遗传多样性水平上均无显著性差异(P>0.05)。本研究表明日本文蛤与我国文蛤的差异在形态特征和遗传水平上均较为明显; 并分析了不同方法分析结果存在差异的原因, 阐述了两种方法进行联合分析的必要性; 表明了异地移养对我国文蛤种质造成的影响, 并提出了相应保护措施; 进行了将远缘种群进行杂交选育的设想; 亦通过微卫星分子标记手段证明了江苏文蛤子代群体具有继续选育的潜力, 验证了通过群体选育途径培育文蛤新品种的可行性。