为探究人工养殖条件下长江鲟(Acipenser dabryanus)早期发育过程中的肠道菌群塑造机制,本研究通过高通量测序技术,开展长江鲟早期发育阶段肠道菌群与生物饵料水蚯蚓的微生物群落结构特征及相关性分析。结果显示:在门分类水平,长江鲟未开口摄食阶段肠道优势菌门以变形菌门(Proteobacteria)为主,开口摄食第10-40天期间以变形菌门和厚壁菌门(Firmicutes)为主。在属分类水平,未开口摄食至开口摄食第20天期间肠道菌群较为单一,潘多拉菌属(Pandoraea)占比绝对优势地位,占比超过88%；开口摄食第30天,长江鲟肠道菌群发生重组,物种丰富度和多样性达到峰值,主要优势菌属变为柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、乳球菌菌属(Lactococcus)、邻单胞菌属(Plesiomonas)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、气单胞菌属(Aeromonas)和克雷伯氏菌属(Klebsiella)。Procrustes分析显示,开口摄食第40天长江鲟肠道菌群与生物饵料水蚯蚓微生物群落组成趋于一致性,呈现极显著的相关性(P＜0.01)。进一步通过Source tracker物种来源分析发现,长江鲟肠道群落中开口摄食第10天有18.97%来源于生物饵料水蚯蚓,开口摄食第20天下降至0.15%,开口摄食第30天上升至51.22%,而在开口摄食第40天高达97.55%。本研究表明,采用生物饵料水蚯蚓投喂长江鲟,开口摄食第30天是其早期发育阶段肠道菌群的转折点,肠道菌群特征发生改变,由高度的保守性转变为良好的可塑性。继续投喂至第40天,其肠道菌群与生物饵料水蚯蚓微生物群落表现出极显著(P＜0.01)的相关性,肠道菌群中高达97%菌群与生物饵料水蚯蚓微生物群落相一致。