巨须裂腹鱼(Schizothorax macropogon)是国家二级保护鱼类,近年来其资源量急速锐减,具有较高生态价值和经济价值,目前研究多集中于资源调查、个体生物学和群体遗传学研究,有关肠道微生物研究较少。本研究旨在探讨巨须裂腹鱼患水霉病组和健康组肠道菌群群落结构组成和多样性特征,并分析其潜在功能。研究采用高通量测序技术,提取获得患病巨须裂腹鱼与健康巨须裂腹鱼两组鱼类的肠道内容物,分析了肠道微生物的OUT数量、菌群组成、丰度及Alpha多样性,并预测期功能。经α和β多样性分析,健康组巨须裂腹鱼的肠道微生物群落丰富度和多样性高于患病组,且肠道微生物群落之间具有显著差异(P <0.05); 健康组与患病组巨须裂腹鱼肠道微生物在群落组成上具有相似性,但相对丰度具有明显差异。细菌共获得了7个优势菌门,包括蓝菌门(Cyanobacteriia)、变形菌门(Proteobacteria)和梭杆菌门(Fusobacteriota)等,与健康组相比患病组特有属为拟杆菌属(Bacterodies)和变形杆菌属(Proteocatella)等；真菌共获得5个优势菌门,包括子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidionmycata)和罗兹菌门(Rozellomycota)等,健康组的特有属为角担菌属(Ceratorhiza)；患病组的特有属为Boeremia和曲霉属(Tausonia)。LDA判别图显示了健康组和患病组巨须裂腹鱼肠道之间存在38个显著差异的细菌菌群,45个显著差异的真菌菌群；巨须裂腹鱼肠道微生物的共现性网络具有较高的连接性,且协同作用大于拮抗作用。根据功能预测分析,健康组巨须裂腹鱼肠道细菌功能菌群与患病组之间具有显著差异(P <0.05),且健康组的相对丰度高于患病组。本研究揭示了巨须裂腹鱼肠道微生物的物种组成和多样性特征,深入了解了巨须裂腹鱼与其肠道微生物之间的关系,为西藏地区特有鱼类肠道菌群的研究提供了基础的理论数据。