为探究不同生长环境下冷水鱼肌肉品质存在的差异及其原因，以马苏大麻哈鱼为研究对象，采集洄游型和陆封型三倍体、选育和非选育马苏大麻哈鱼的背部肌肉，分别从表观特性、质构特性、营养成分和组学特征进行比较分析。结果显示：马苏大麻哈鱼三倍体组的破裂力、胶粘性、系水力显著高于洄游型、选育和非选育组（P<0.05）；三倍体组的粘附力、剪切力和内聚性显著低于洄游型、选育和非选育组（P<0.05）；三倍体组的pH显著低于选育和非选育组（P<0.05）；洄游型的硬度显著高于非选育组（P<0.05）。三倍体组的肌肉红度显著高于洄游型、选育和非选育组（P<0.05）。马苏大麻哈鱼肌肉粗脂肪和水分含量三倍体组显著高于洄游型、选育和非选育组（P<0.05）；肌肉粗蛋白和粗灰分含量洄游型显著高于陆封型的三倍体、选育和非选育组（P<0.05）。洄游型马苏大麻哈鱼肌肉总氨基酸、总必需氨基酸和总鲜味氨基酸含量显著高于陆封型（P<0.05），且各组之间均差异显著（P<0.05）。陆封型马苏大麻哈鱼肌肉中饱和脂肪酸、单不饱和脂肪酸和多不饱和脂肪酸总含量显著高于洄游型（P<0.05），且三倍体组最高；肌肉中EPA和DHA含量三倍体组显著高于洄游型、选育和非选育组（P<0.05）。陆封型马苏大麻哈鱼肌肉肌纤维直径显著高于洄游型（P<0.05）。研究结果表明：陆封型马苏大麻哈三倍体鱼肌肉中蛋白质和氨基酸含量略低于洄游型，但陆封型三倍体在肌肉质构、色泽、脂肪酸组成和肌纤维结构优于洄游型和其他养殖群体。本结果为冷水鱼的品种选育优化、差异化养殖、功能性饲料开发提供了科学依据。