灯笼鱼科(Myctophidae)在海洋浮游鱼类群落中占据重要地位。为丰富灯笼鱼科鱼类数据库, 提高该科物种鉴定准确性, 本研究对灯笼鱼科角灯鱼属(Ceratoscopelus)的汤氏角灯鱼(Ceratoscopelus townsendi)进行线粒体全基因组测序、组装及注释, 并基于此开展了系统发育分析。结果表明, 汤氏角灯鱼线粒体基因组全长17780 bp, 包含37个编码基因及一个非编码区, 基因分布于轻链(L链)和重链(H链), 存在基因重叠与间隔现象, 其结构与其他灯笼鱼科鱼类线粒体基因组相同。碱基组成分析显示其呈AT偏倚, 密码子使用频率前五位分别为CCC(P)、CCU(P)、CUC(L)、CUU(L)和CAC(H)。蛋白质编码基因总长占基因组57.9%, 密码子使用存在偏好性, 且各基因碱基偏倚性不同。tRNA基因分布于H链和L链, 部分有双拷贝现象, rRNA基因位于特定位置且有相应碱基含量特征。灯笼鱼科鱼类线粒体的13个蛋白编码基因(protein-coding genes, PCGs)的Ka/Ks均小于1, 表现出纯化选择(purify selection)。系统发育分析表明, 汤氏角灯鱼与同属的马德拉角灯鱼(Ceratoscopelus maderensis)聚为一支, 且与虹灯鱼属鱼类关系较近, 明确了汤氏角灯鱼在灯笼鱼科的系统发育地位。本研究丰富了灯笼鱼科鱼类线粒体基因组信息, 为后续该科鱼类的物种鉴定、系统发育分析及多样性研究提供了重要数据支撑。