蝉形齿指虾蛄全长转录组测序及视觉相关的功能基因特征分析
DOI:
CSTR:
作者:
作者单位:

1.烟台大学海洋学院;2.烟台理工学院食品与生物工程学院;3.烟台大学

作者简介:

通讯作者:

中图分类号:

基金项目:

山东省自然科学(ZR2024MD076);自然资源部渤海海峡生态通道野外科学观测研究站开放基金资助项目(BH202401)


Full-length transcriptome sequencing and characteristics analysis of vision-related functional genes in Odontodactylus scyllarus
Author:
Affiliation:

1.School of Ocean, Yantai University;2.School of Food Science and Bioengineering, Yantai Institute of Technology;3.Yantai University

Fund Project:

Shandong Provincial Natural Science Foundation(ZR2024MD076);Opening Foundation of the Observation and Research Station of Bohai Strait Eco-Corridor, MNR(BH202401)

  • 摘要
  • |
  • 图/表
  • |
  • 访问统计
  • |
  • 参考文献
  • |
  • 相似文献
  • |
  • 引证文献
  • |
  • 资源附件
  • |
  • 文章评论
    摘要:

    口足类独特视觉相关的遗传特征探究对于解析口足类的视觉生态理论至关重要。本研究首次开展了口足类代表性物种——蝉形齿指虾蛄(Odontodactylus scyllarus)的全长转录组测序并分析了该物种视觉相关的功能基因及其结构特征。过滤掉低质量测序数据后,研究共组装获取17,105条Unigene序列。基于隐马尔可夫模型,研究自Unigene序列中鉴定出23条视蛋白基因,包括17条长波光敏感视蛋白基因(LWS)、4条中波光敏感视蛋白基因(MWS)和2条紫外光敏感视蛋白基因(UV)。23条视蛋白基因的氨基酸长度、分子量和等电点范围分别为188 ~ 433 aa、21.04 ~ 48 kDa和5.89 ~ 9.20,含碱性氨基酸并具高疏水性和稳定性。Motif分析表明23条视蛋白基因均存在7个跨膜结构域且第七跨膜结构域具备保守的QAKKMH和SLR。视蛋白二级结构中α-螺旋所占比例最大,而后依次为无规则卷曲、延伸链和β-折叠;同时,MWS亚家族基因三维结构的序列一致性最高(89.35%),其次为UV亚家族基因(76.18%)和LWS亚家族基因(72.07%)。此外,研究筛选了TRPL、RK、PKC、DAGL、Rh、PLCβ、NINAC、IP3R、Arr2、Actin和CamKII等光传导相关的功能基因。研究首次获取的蝉形齿指虾蛄全长转录组信息可丰富口足类的遗传数据库,并可为探究口足类特殊视觉背后的遗传机理及其演化历程奠定基础。

    Abstract:

    参考文献
    相似文献
    引证文献
引用本文
相关视频

分享
文章指标
  • 点击次数:
  • 下载次数:
  • HTML阅读次数:
  • 引用次数:
历史
  • 收稿日期:2025-06-06
  • 最后修改日期:2025-06-26
  • 录用日期:2025-07-16
  • 在线发布日期:
  • 出版日期:
文章二维码